Má dlouholeté manažerské zkušenosti v oblasti řízení a koordinace vědy a výzkumu na vysokých školách. Do roku 2018 působil na pozici prorektora pro vědu, výzkum a neformální vzdělávání na Vysoké škole obchodní v Praze, kde byl zároveň pověřen vedením katedry ekonomie a ekonomiky. Jeho odborným a vědeckým backgroundem je totiž právě oborová a průřezová ekonomika a lidské zdroje. V současné době se ve své publikační a výzkumné činnosti profiluje zejména na rozvoj lidských zdrojů, tedy na vzdělávání zaměstnanců, řízení kariéry a poradenství.

Souběžně působí již dlouhou řadu let na Vysoké škole ekonomické v Praze, Fakultě financí a účetnictví, kde se zabývá teorií vyučování, konkrétně didaktikou ekonomických předmětů a problematikou cvičných (fiktivních) firem, tedy zejména přípravou budoucích učitelů ekonomických předmětů a lektorů pro neformální vzdělávání. Na Vysoké škole ekonomické je členem oborové rady doktorského studijního programu Teorie vyučování ekonomických předmětů a členem oborové rady doktorského studijního programu Didaktika technických odborných předmětů na Dubnickém technologickém institutu v Dubnici nad Váhom (SR). Je úspěšným školitelem doktorandů, vykazuje již sedm ukončených doktorandů v ČR a SR. Je hodnotitelem Národního akreditačního úřadu pro vysoké školství pro oblast vzdělávání „Ekonomické obory“. Byl jmenován členem vědecké rady Institutu vzdělávání a poradenství České zemědělské univerzity v Praze a je zde externím členem Rady pro vnitřní hodnocení. Dále je členem redakční rady recenzovaného odborného časopisu na podporu vzdělávání Media4u a členem vědecké ediční rady vydavatelství Extrasystem.

Na VŠMVV Praha působíl Pavel Krpálek na pozici prorektora pro vědu, výzkum, tvůrčí, publikační a grantovou činnost, zároveň byl zde členem Rady pro vnitřní hodnocení, Akademické rady a redakční rady recenzovaného časopisu Journal of Diplomatic and Social Studies.